Los misioneros combonianos llegaron a España por vías diversas y en momentos diferentes: los Hijos del Sagrado Corazón de Jesús (FSCJ) en 1954 y los Misioneros Hijos del Corazón de Jesús (MFSC) en 1960. La presencia de los FSCJ comenzó como delegación en 1959. El 17 de julio de 1964, la dirección general erigió la región ibérica: las obras del instituto en España y Portugal. En el capítulo general de 1969, España pasó a ser provincia, separada de Portugal. El instituto de los MSFC, por su parte, erigió la delegación de España el 17 de febrero de 1961. España desempeñó un papel relevante en la reunificación de los dos institutos, y por eso se erigió en provincia unida de España.
Las primeras comunidades de la provincia fueron la de San Sebastián, abierta en septiembre de 1954 y de la que en enero de 1957 salió el primer número de Aguiluchos; y la de Corella, abierta en 1956 como seminario menor, y que durante los años 62-64 funcionó también como noviciado. La casa de San Sebastián se dejó en abril de 1983 y la de Corella se vendió en diciembre de 1982. La casa de Saldaña, primera fundación de los MFSC en España, comenzó en 1960 como colegio apostólico hasta 1992 y se vendió en septiembre de 2003.
La comunidad de Madrid se inició el 4 de diciembre de 1959. Algunos meses más tarde, el 23 de marzo de 1960, salía el primer número de la revista Mundo Negro. En 1967 se inauguró la casa actual, que es sede del superior provincial y otros servicios provinciales como el administrador provincial y la procura de misiones. Actualmente aquí se encuentra el Centro de Animación Misionera que es la sede de las revistas Mundo Negro y Aguiluchos, las Webs Combonianas de España, del Museo Africano y el Centro de Orientación Vocacional.
Palencia fue fundada por los MFSC en 1960 y empezó a funcionar en 1965 como noviciado. Las obras del edificio actual comenzaron en 1966. Los intercambios entre ambos institutos con vistas a la unificación aconsejaron el traslado de los novicios y escolásticos a Moncada en 1970, destinándose la casa de Palencia a la formación de los cursos superiores de bachillerato de ambos institutos. En 1985 esta etapa de la formación pasó a Saldaña, quedando Palencia como centro de animación misionera, al que se añadió en 1987 el seminario en familia y en septiembre de 1992 se trasladó el seminario menor de Saldaña que se mantuvo hasta su cierre en 1994. En este momento la casa está en venta y la comunidad hace tareas de animación misionera.
Los terrenos en Moncada fueron adquiridos en 1963 por los FSCJ para construir el nuevo noviciado y escolasticado. Se inauguró el 16 de abril de 1967. El escolasticado se trasladó a Granada en 1973, por lo que Moncada quedó sólo como sede del postulantado y noviciado. A partir de 1979 albergó únicamente al noviciado por el traslado del Postulantado a Granada. En 1982 se vendió el edificio principal y parte de la finca. En 1993 el exiguo número de novicios aconsejó el traslado de estos al noviciado de Portugal, en Santarém. La casa actual, construida en 2006, es hoy una casa de acompañamiento de hermanos enfermos, un centro de animación misionera, acogida de inmigrantes y Museo Africano.
La presencia comboniana en Barcelona empezó en 1968 con un centro de animación misionera. Más adelante también se destinó a la formación de postulantes hermanos. La residencia inicial se amplió con un nuevo pabellón, construido en 1972. La casa es hoy un centro de animación misionera, el Museu Africà Daniel Comboni y pastoral juvenil vocacional.
En Granada estamos desde septiembre de 1973 con la apertura del Escolasticado ya en casa propia desde el curso 75-76. Con el curso 79-80 la casa dejó de ser sede del escolasticado y se convirtió en postulantado. Desde entonces es también sede de un centro de animación misionera y pastoral juvenil vocacional. En el 2012 se asumió el cuidado pastoral de una parroquia en la periferia norte de la ciudad, con fuerte presencia de inmigrantes.
En Galicia, se empezó con el seminario menor en el Monasterio de Poio (Pontevedra), en 1973. El 30 de Noviembre de1975 se inauguró la nueva sede de El Pedroso, que funcionó como seminario menor hasta 1983, fecha en que se cerró para ser posteriormente vendida. La comunidad comboniana pasó entonces a residir en una pequeña casa en Santiago de Compostela, como centro de animación misionera. En el 2014 se asumió una parroquia en el Camino de Santiago, Palas de Rei, donde se atienden los peregrinos y los habitantes de la parroquia.
Actualmente los combonianos españoles somos: 4 Obispos, 81 sacerdotes, 13 Hermanos y 24 ya han entregado sus vidas a la misión. En la provincia estamos 34, de los cuales 28 son españoles, 2 congoleños, 1 mexicano, 1 italiano, 1 portugués y 1 togolés.