La personería jurídica (civil) de los Misioneros Combonianos en Colombia fue establecida el 26 de octubre de 1982, conforme a lo publicado en el Boletín Departamental “Valle del Cauca”, Nº 4563, con fecha del 15 de noviembre del mismo año.
En 1977 el Consejo General pidió a la provincia comboniana de Ecuador que verificara la posibilidad de abrir una comunidad exclusivamente de animación misionera en Colombia. De las entrevistas realizadas a personalidades eclesiales y religiosas por el padre Rafael Savoia resultó que había más interés para que asumiéramos una parroquia rural.
En 1980, empezaron las primeras visitas de algunos combonianos de la provincia de Ecuador a la ciudad de Cali, con actividades de animación misionera en colegios y parroquias. Muy pronto se estableció en dicha ciudad la primera comunidad comboniana, compuesta por los padres Enrique Faré y Bruno Bordonali y el hermano Bruno Barbiero. El 20 de enero de 1982 el padre Natale Basso abre el CAM (Centro de Animación Misionera) de Cali, trayendo de Quito la revista Iglesia sin fronteras y libros de la editorial del mismo nombre. El padre Natale organizaba también encuentros juveniles, en los que participaron miles de jóvenes.
El 15 de abril de 1988, se abrió un segundo CAM en Bogotá, desde donde los padres Giuseppe Forlani, Giuseppe Negri y Claudio Zendrón iniciarían una intensa actividad de animación misionera en todo el país. Un año más tarde, el 6 de enero de 1989, se trasladó de Quito a Bogotá el CIFH (Centro Internacional de Formación de Hermanos), con el padre Ramiro Loureiro y el hermano Iván Bernardi. En 1992 el padre Alcides Costa inició de forma sistemática la promoción vocacional. Los primeros postulantes iban a Quito, pero ya en 1996 se establece un postulantado, primero en Bogotá y después (1 de enero de 1997) en Medellín, siendo los primeros formadores los padres Giovanni Bressani y Leonardo Battaglia.
En 1996 el padre Vincenzo Cioffi asume el santuario de Nuestra Señora de Fátima, adjunto al CAM de Cali. Le sucederían en el cargo, después de su muerte, los padres Rodolfo Valdez, Vicente Serrano y Julio Celadón, hasta que se entregó a la diócesis en el año 2008. En 1997 se abre una parroquia en Aguachica (Ocaña) con la presencia de los padres Enea Mauri, Antonio Oliveira y Jacques Monsengo. Ese mismo año se traslada la sede de la revista Iglesia sinfronteras (con la editorial) de Cali a Bogotá, haciendo de la capital del país el centro impulsor de nuestra animación misionera. Tres años más tarde se lanzaría también la revista Aguiluchos. Ambas revistas se editan ahora en Bogotá para Colombia y Ecuador.
El 1 de enero de 2002, en cumplimiento por lo establecido en el Capítulo de 1997, entra en vigor el decreto de erección de la delegación de Colombia, firmado por el superior general el 15 de abril del 2001. El primer superior delegado es el padre José Girau, al que sucedió, seis años después, el padre Antonio Villarino y, tres años más tarde, el padre Rafael Savoia. El 11 de abril del 2002 se abrió la parroquia de La Resurrección, en la periferia de Tumaco, una ciudad del Pacífico colombiano, habitada por afrodescendientes; los miembros de la primera comunidad de Tumaco fueron los padres Gordon Rees, Agustín Liux y el hermano Giuseppe Foglio. En el mismo año se entregó la parroquia de Aguachica a la diócesis de Ocaña.
En 2008, la Delegación decidió vender la casa de Cali y trasladar la comunidad a “Charco azul”, un barrio marginal de la misma ciudad. A partir de ese momento la delegación se focalizó más en la población afro: Junto a las presencias afro de Tumaco y Cali, el CIFH centró su actividad pastoral en los barrios afro de Bogotá, el padre Rafael Savoia puso en marcha el CAEDI (Centro Afro de Espiritualidad y Desarrollo Integral), y la revista Iglesia sinfronteras empezó a sacar un suplemento de pastoral afro Palenque. Actualmente los combonianos colombianos son seis: cuatro padres, un hermano y un escolástico.