Cuando el Papa Pio XII solicita a los misioneros combonianos hacerse cargo de la misión de Esmeraldas, lo hace movido por la situación de los grupos afro-descendientes en extrema pobreza social y religiosa. Llegando al Ecuador el 2 de abril de 1955, de inmediato – 11 días más tarde – asumen el trabajo pastoral de la Prefectura de Esmeraldas bajo la guía de Mons. Ángel Barbisotti, a quien sustituirá Mons. Enrique Bartolucci, hasta el actual pastor, Mons. Eugenio Arellano. Igualmente llegan las pioneras de las Misioneras Combonianas.
La tarea es ardua. No se abandona de ninguna manera las zonas indígenas, particularmente los Cayapas (Chachi) y Awa. Todo es necesario y debe ser integrado en un plan orgánico: primera evangelización, catequesis a todos los niveles, pastoral social (Ciudad de los Muchachos, escuelas y Universidad, dispensarios médicos…), la Radio Antena Libre…
Casi al mismo tiempo se ve la necesidad de un punto de apoyo en la capital Quito, no solo como Procura para los servicios necesarios de apoyo a los misioneros y misioneras (incluyendo los voluntarios laicos), sino como crisol de otras actividades inherentes al carisma comboniano: seminario, OMP, grupos juveniles misioneros, medios de comunicación, parroquia periférica de Iñaquito, Centro Cultural Afro y acompañamiento de comunidades, etc.
En 1976, después de largo discernimiento, se toma la decisión de abrir el horizonte hacia otras regiones carentes con relación a la evangelización y al clero autóctono: Manabí y las periferias de Guayaquil (el Guasmo marginado).
A partir de 1980, se tiene un cuidado especial por la animación misionera y la pastoral vocacional, así como la formación de futuros misioneros. Nacen las revistas y la editorial Sin Fronteras. Abriéndose más allá para la animación (CAM de Cali en 1981) y la formación (CIFH de los Hermanos), se trabaja en el país vecino, dando origen años más adelante – enero 2002 – a la Delegación de Colombia.
No obstante la fuerte disminución del personal, los misioneros combonianos en Ecuador, continúan con entusiasmo proclamando el Evangelio entre los más pobres y abandonados, para que estos pueblos tengan vida plena y se conviertan a su vez en misioneros de sus hermanos y hermanas más necesitados, hasta los últimos confines de la tierra. Somos actualmente unos 40 cohermanos, en 7 comunidades: Casa Provincial (servicios provinciales, Editorial y TV), Postulantado y Centro Cultural Afro (formación, pastoral vocacional, América Misionera), Guayaquil (OCPH, pastoral afro y animación misionera), parroquia de El Carmen (Manabí), parroquia de La Merced (Esmeraldas), parroquia de Borbón (Esmeraldas) y parroquia de San Lorenzo (Esmeraldas). Caminamos a la par con numerosos laicos comprometidos que comparten la pasión de San Daniel Comboni.