L’Eritrea non rientra nel pur vasto Vicariato Apostolico dell’Africa Centrale affidato a Comboni. Eppure, dopo la sua morte, è proprio qui che giungono due dei suoi missionari. Il primo è P. Luigi Bonomi, compagno di Comboni nella missione di Delen e poi per tre anni prigioniero del Mahdi. Sopravissuto alla tragedia sudanese, P. Bonomi giunge in Eritrea nel 1888 e vi lavora fino alla morte, nel febbraio del 1927. Il secondo è P. Leone Hanriot, vallone di lingua francese/belga, inviato dal successore di Comboni, Mons. Sogaro. Arriva a Massawa nel 1894, con l’intenzione di aprire una missione fra i Kunama. Riesce a preparare un dizionario Kunama, un catechismo ed una breve Storia della salvezza, prima di morire ad Asmara, fra le braccia del suo compagno P. Bonomi nel 1894. È l’anno in cui l’istituto maschile comboniano, trasformato da poco nella congregazione dei Figli del Sacro Cuore di Gesù, attende che gli sia affidata la nuova Prefettura Apostolica dell’Eritrea, smembrata dal Vicariato Apostolico dell’Abissinia. Il cardinale Prefetto di Propaganda Fide è d’accordo. A Verona ne sono felici. Ma nel frattempo, ricevendo in udienza il provinciale dei Cappuccini, il Papa, senza parlarne col cardinale, affida ai frati la nuova Prefettura! Più fortunate sono invece le suore, invitate ad Asmara nel 1914 proprio dall’anziano P. Bonomi. Cominciano il loro servizio nell’ospedale “Regina Elena”. Alle prime cinque sorelle se ne aggiungono poi altre. Nel 1927 viene aperta la comunità di Massawa, per il servizio presso l’ospedale Umberto I, mentre ad Asmara le suore iniziano l’insegnamento nella prima scuola governativa per gli eritrei. In seguito, gli impegni si moltiplicano e diversificano: scuole, servizio sanitario in vari ospedali militari, assistenza ai bambini dei soldati ascari, o alle donne nelle prigioni femminili, accoglienza di ragazze madri…
Nel frattempo, si rifanno vivi anche i comboniani, ai quali nel 1936 è affidata la prefettura Apostolica di Gondar, in Etiopia, sotto la guida di Mons. Pietro Villa. Per raggiungere il loro campo di lavoro, devono sbarcare a Massawa e poi attraversare l’Eritrea. Così, dopo la sconfitta degli italiani nel 1941, vari missionari sono trattenuti come prigionieri dagli inglesi, altri devono rimpatriare, ma alcuni di loro, guidati da P. Armido Gasparini, chiedono ed ottengono di potersi fermare e lavorare in Eritrea.
Sempre a causa della guerra, è inaspettatamente costretta a rimanere in Eritrea anche la Superiora Generale delle suore, Madre Carla Troenzi, giunta in visita ad Asmara nel maggio del 1940. Potrà ripartire solo nel dicembre del 1942. La sosta forzata le permette di guidare e sostenere le sorelle in tempi di emergenza. È nelle sue mani che le prime 4 novizie eritree, dopo aver fatto il “noviziato indigeno” approvato dalla S. Congregazione per le Chiese Orientali, emettono il 7 ottobre 1942 la professione religiosa come “Pie Sorelle”. Cinque anni più tardi, nel 1947, le suore eritree sono incorporate a pieno titolo nella congregazione delle Pie Madri della Nigrizia. Il dopo guerra vede i missionari molto impegnati nella scuola. Nel 1947 si apre il Collegio Comboni per ragazzi. Le suore dal canto loro fanno partire nel ’54 un Istituto Magistrale e nel ’58 iniziano i corsi dell’Università Santa Famiglia di Asmara. L’università, riconosciuta ufficialmente nel 1968, presta un servizio qualificato e prezioso. Le vicende politiche e l’ideologia marxista del regime etiopico, portano ad un’ondata di nazionalizzazioni: nel 1979 tocca all’università, poi nell’82 è la volta del Collegio Comboni, l’istituto Santa Famiglia, la scuola femminile di Casa Comboni, con i relativi fabbricati. Queste ed altre difficoltà, mentre obbligano i missionari ad abbandonare opere e a chiudere comunità, sono lo stimolo ad aprire creativamente nuovi fronti per rispondere ai bisogni del momento. È quanto succede a più riprese nei vari periodi di guerra, oppure in occasione delle carestie che affliggono il popolo eritreo, prima, durante e dopo l’indipendenza. La vicinanza alla gente e la dedizione al loro bene, materiale e spirituale, è forse uno degli strumenti di cui il Signore si serve per chiamare ragazze e giovani eritrei a condividere il dono della vocazione missionaria ad gentes nello spirito di Comboni. Ci sono oggi 110 suore comboniane e 23 comboniani eritrei (1 vescovo, 14 sacerdoti e 8 scolastici) in vari paesi del mondo. Il seminario minore di Decameré, i postulati maschile e femminile di Asmara, accolgono e formano chi s’incammina su questa strada.
Nel 1993, con l’indipendenza dell’Eritrea, la provincia era conosciuta come Eritrea-Etiopia (EE). Nel 2002 l’Eritrea divenne Delegazione.
Dopo l’indipendenza, il Paese conobbe, dal 1991 al 1998, un buon sviluppo. Con il conflitto di confine, però, tutto andò nella direzione opposta e ora la situazione generale sta decisamente peggiorando. I Comboniani sono impegnati in diversi settori quali la pastorale, la formazione e l’istruzione. La situazione attuale del paese colpisce le attività della Chiesa locale e dei Comboniani. I confratelli non eritrei non possono entrare nel paese e i giovani confratelli eritrei non possono uscirne a causa delle restrizioni sul visto; così tutte le fasi della formazione dei nostri candidati vengono fatte all’interno del paese. I membri radicali della Delegazione sono 19: Mons, Menghesteab Tesfamariam, arcieparca di Asmara, e 18 confratelli. Cinque stanno lavorando in altre circoscrizioni. Dei 13 membri effettivi, 3 si trovano fuori dalla Delegazione per motivi di studio e corsi di aggiornamento.
Attualmente l'impegno e la presenza comboniana è data da 12 comboniani. divisi in 4 comunità delle eparchie di Asmara (2) e Barentu (2). Da sempre, le comunità e i missionari in Eritrea hanno fatto parte di una provincia unica, assieme ai confratelli dell’Etiopia. Dal 1 gennaio 2002, la situazione creata dall’ultimo conflitto ha consigliato di dare loro un assetto giuridico diverso, come Delegazione dell’Eritrea. Mentre il nuovo eparca comboniano di Asmara presta alla sua chiesa il ministero dell’autorità, gli altri confratelli che lavorano nella diocesi si dedicano al lavoro pastorale e alla formazione dei candidati nel seminario minore e nel postulato. Nell’eparchia di Barentu, invece, alcuni sono impegnati nell’evangelizzazione dei Kunama, il gruppo al quale intendeva dedicarsi P. Leone Hanriot, il compagno di Comboni morto poco dopo il suo arrivo in Eritrea. L’ultima missione, quella di Fode, è stata aperta il 10 ottobre 2002. Il giorno anniversario della morte di San Daniele Comboni.