Nei suoi numerosi viaggi in tutta Europa, non risulta che Comboni sia mai stato in Portogallo. Ciò non gli impedì di coinvolgere nella fitta rete delle sue conoscenze, sempre indirizzate al bene della missione africana, anche un’illustre rappresentante dell’alta società portoghese, la principessa Maria Assunta di Braganza, che viveva a Roma. Comboni la conobbe, nel 1865 ne fece la sua insegnante di portoghese e soprattutto la coinvolse nella diffusione del suo Piano. Più tardi, il laico D. Antonio De Almeida sul periodico di Porto “A Palavra” informa i cattolici portoghesi sui progressi della missione comboniana. Lo stesso fa a più riprese l’edizione portoghese degli “Annali della Propagazione della Fede”, attingendo ai resoconti inviati da Comboni stesso. All’inizio del 1880, a Roma, Mons. Comboni assume un cameriere portoghese, Domingo Correia, che alla fine dello stesso anno lo segue in Sudan. Ma la vita dura della missione non fa per lui, e Domenico torna in Europa nell’agosto del 1881. Pochi giorni dopo la morte di Comboni, su richiesta del Card. Simeoni, prefetto di Propaganda Fide, compila in spagnolo una lista accurata degli oggetti appartenenti al defunto, da lui fedelmente servito.
Bisogna poi attendere il 1947 perché gli eredi di Comboni arrivino in Portogallo. Invitati nel 1946 ad aprire un nuovo fronte missionario in Mozambico, allora territorio portoghese, i comboniani chiedono di poter aprire una comunità in Portogallo. Arriva così P. Giovanni Cotta, accolto cordialmente dal vescovo di Viseu. Il 1 Giugno 1948 la prima pietra della casa di Viseu segna l’inizio di una storia che vede sorgere altre fondazioni in diverse zone del paese. Alcune di queste case (Falerio, Aveiro e la parrocchia di Paco d’Arcos) sono state ormai chiuse. Attualmente nelle comunità di Coimbra, Famalicao, Lisbona, Maia, Santarém e Viseu lavorano 29 sacerdoti e 5 fratelli comboniani. Giuridicamente, la Delegazione del Portogallo passa a far parte nel 1964 della Provincia Iberica, assieme alla Spagna. Cinque anni dopo, il Portogallo diventa Provincia a sé. I primi comboniani portoghesi emettono i voti nel 1954, I frutti di questa presenza furono ben presto evidenti nei gruppi di seminaristi, novizi e scolastici, nella schiera di amici e benefattori che si lasciarono toccare dal carisma comboniano, attorno alle varie comunità: Fr. António Martins, P. Rogerio Artur de Sousa e P. Ramiro Loureiro da Cruz sono i primi comboniani portoghesi. Mentre il primo sacerdote viene ordinato nel 1958. L’istituto conta ora 100 comboniani portoghesi, dei quali 75 sono sacerdoti, 24 fratelli e 1 studente di teologia.
Nel 1965 arrivano nel paese anche le Suore Comboniane. Vengono accolte a Viseu, sede del seminario minore dei comboniani. Dallo scopo iniziale di dare un appoggio alle consorelle italiane destinate al Mozambico, la loro presenza diventa l’inizio di una collaborazione fraterna coi comboniani nelle case di formazione dei giovani seminaristi e nell’animazione missionaria e vocazionale della Chiesa portoghese. Dal 1973 il gruppo delle suore diventa Delegazione autonoma. Attualmente le comboniane portoghesi sono 53, sparse in vari paesi d’Africa e di America Latina.
Dal 1964 al 1969, la delegazione del Portogallo fu unita alla Spagna, nella Provincia Iberica. In quel periodo si ampliarono i vari seminari comboniani e s’intensificò l’animazione missionaria con l’apertura della casa di Lisbona (28 giugno 1966), la nascita della rivista Audácia (11 novembre 1966) e il trasferimento di Além-Mar alla capitale portoghese.
Alla fine del 1969 (18 dicembre) la provincia comboniana del Portogallo riprese il suo cammino e sotto la guida di P. Ramiro Loureiro da Cruz, primo provinciale portoghese, entrò negli anni ’70. Sono anni di cambiamento nella società e nella Chiesa portoghese e di rinnovamento della presenza comboniana (dei metodi di formazione e animazione missionaria) e registrano l’apertura della casa di Coimbra (come postulato, nell’anno scolastico 1970-71) e di Santarém (come noviziato, 18 ottobre 1972).
Dalla fine degli anni ’50, sono presenti in Portogallo anche le Missionarie Secolari Comboniane, l’istituto secolare nato in Italia, che si rifà al carisma di Comboni, specialmente nella dimensione dell’animazione e cooperazione missionaria. Il compito comune di animare missionariamente la Chiesa e la società portoghese, viene portato avanti dai tre istituti comboniani sia collaborando con iniziative comuni sia con attività specifiche a ciascuno di essi. Tutte le iniziative tendono alla formazione di una coscienza più aperta e sensibile ai problemi del mondo e della missione ad gentes.
Nella più genuina tradizione comboniana, un particolare impegno viene espresso nel campo dei Mass Media. I comboniani si impegnano da sempre nell’edizione di libri ed altri sussidi di animazione missionaria ed hanno lanciato due riviste mensili: “Audácia” per i ragazzi e Além-Mar per gli adulti, conseguendo anche importanti riconoscimenti pubblici e risultati di eccellenza. Dal 1987 le suore comboniane pubblicano “Evangelizar Hoje, a Voz da Mulher na Missão”.Un campo nuovo, che richiede oggi attenzione e sensibilità missionaria è la realtà dell’immigrazione. Assieme a questi impegni, gli istituti comboniani continuano nel compito di preparare chi parte, ed accogliere e accompagnare chi rientra dalla missione. Sia le comboniane che i comboniani dedicano molte energie alla pastorale vocazionale e alla formazione dei candidati all’istituto, nelle sue varie fasi.
Da segnalare un momento forte di tutta la famiglia comboniana in Portogallo: il caratteristico pellegrinaggio che mobilita ed unisce ogni anno nel nome di Comboni migliaia di persone, familiari, amici e collaboratori attorno a Maria a Fatima, a pregare per le missioni.
Negli anni ’80 e ’90 i comboniani in Portogallo portano avanti un processo di rinnovamento e di coinvolgimento nella missione dell’Istituto in vari paesi e continenti; in quegli anni entra nell’Istituto comboniano il maggior numero di portoghesi, che arrivano a superare il centinaio. Questa crescita soffre una battuta d’arresto con l’entrata nel secolo XXI; nel 2007 i comboniani portoghesi sono ancora 96 (35 in Portogallo e 61 in missione in 17 paesi); nel 2017 sono 88, con sette comunità nel paese, di cui due nuove: Calvão (aperta in seguito alla chiusura di Coimbra, 1 settembre 2012) e Camarate (alla periferia di Lisbona, 9 settembre 2010).